相比較于營業稅，國家對增值稅的管理更加嚴格，涉稅行政、刑事風險更大，尤其是虛開增值稅專用發票的刑事風險不可忽視。全面營改增后，所有單位和個人，只要發生增值稅應稅行為，都是增值稅納稅人，按照年應稅銷售額超過500萬的標準，絕大部分投資公司都會納入一般納稅人管理，并實行抵扣納稅模式，相比較于較為簡單的營業稅納稅模式，新稅制給納稅人帶來了更多的稅務籌劃的空間。
一、投融資模式
根據“營改增”政策規定，納稅人購進貸款服務，以及納稅人接受貸款服務向貸款方支付的與該筆貸款直接相關的投融資顧問費、手續費、咨詢費等費用，其進項稅額不得從銷項稅額中抵扣。
對于債權融資而言，增值稅相應的進項不能扣除，是否考慮融資結構的調整，增加股權融資，雖然股息紅利不能所得稅稅前扣除，但是投注分紅不涉及增值稅。同時，針對文件“與該筆貸款直接相關“的規定，，簽署融資合同中，對于投融資顧問費、手續費、咨詢費等費用具體條款設定需要充分考量，可以考慮分別簽署合同。
二、金融商品轉讓特殊稅務風險
按照營改增政策，金融商品轉讓，按照賣出價扣除買入價后的余額為銷售額。轉讓金融商品出現的正負差，按盈虧相抵后的余額為銷售額。若相抵后出現負差，可結轉下一納稅期與下期轉讓金融商品銷售額相抵，但年末時仍出現負差的，不得轉入下一個會計年度。金融商品的買入價，可以選擇按照加權平均法或者移動加權平均法進行核算，選擇后36個月內不得變更。同時規定，金融商品轉讓，不得開具增值稅專用發票。
年末時仍出現負差的，不得轉入下一個會計年度，此規定延續了營業稅稅制得規定。因此，對于金融商品轉讓交易頻繁的公司，需要金融市場的情況，合理規劃會計年度內的轉讓行為，最大程度消化“負差”，降低計稅基礎。
三、收益性質的界定與節稅
投資公司取得收益的具體表現形式多種多樣，不同性質的收入在納稅義務方面也不一樣。比如，權益性投資的股息紅利不屬于增值稅的納稅行為，債權型投資取得利息，管理費等收益則屬于增值稅的納稅行為，需要按照規定申報繳納增值稅。
投資公司可以合理規劃投資報酬的具體取得形式，具體需要和被投資方協商解決，當然，一項稅務籌劃的實施，同時需要考慮可能帶啦的隱形稅負，投資者需要綜合權衡。
四、轉讓房產可簡易計稅
按照營改增政策，針對房地產、建筑業、不動產經營租賃、轉讓房產等行業出臺了特殊性政策，比如，規定：一般納稅人轉讓其2016年4月30日前取得的不動產（包括以直接購買、接受捐贈、接受投資入股、自建以及抵債等各種形式取得的不動產）可以選擇簡易征收，適用5%的稅率。
政策層面雖作出了上述的規定，實操中還會面臨一些實際的難題，比如，面對合同法、物權法、稅法背景下不動產產權交割的復雜形態，“2016年4月30日前取得的不動產”如何界定“取得”的時點，還需要進一步細化明確，作為投資公司，可以在第一個納稅申報期到來之前，積極補充完善相關資料，并進行簡易征收的備案工作。
五、收益權轉讓如何處理
針對收益權的轉讓行為，營改增附件《銷售服務、無形資產、不動產注釋》中并沒有明確規定，與之較為接近的是“金融商品轉讓”，金融商品轉讓，是指轉讓外匯、有價證券、非貨物期貨和其他金融商品所有權的業務活，其中，其他金融商品轉讓包括基金、信托、理財產品等各類資產管理產品和各種金融衍生品的轉讓。
收益權作為一項財產權益，從稅法的基本原理來看，應該課以流轉稅、所得稅等，但是難點在于，收益還沒有真正實現、具有不確定性且價值難以衡量，從投資公司的角度來看，應該是盡可能通過籌劃，推遲納稅義務產生或實現遞延納稅。
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